|
|
Vliv složení kultivačního média na hmotnostní spektra kvasinek druhů Cryptococcus laurentii a Cryptococcus flavescens
Ledvina, Vojtěch ; Breierová, Emília (oponent) ; Stratilová, Eva (vedoucí práce)
Cryptococcus laurentii a Cryptococcus flavescens jsou nefermentující kvasinky tvořící extracelulární polysacharidovou kapsuli. Jedná se o saprofytické druhy, nicméně Cr. laurentii je znám i jako oportunní patogen u imunokomprimovaných jedinců. Dříve byl Cr. flavescens považován za synonymum Cr. laurentii, v současnosti je ale klasifikován jako samostatný druh náležící do fylogenetické skupiny I Cr. laurentii. V experimentální části bylo 28 kmenů druhů Cr. laurentii, Cr. flavescens a Cr. victoriae biotypizováno pomocí MALDI-TOF MS. Buňky byly kultivovány na třech různých médiích (Sabouraudův, YPD a bramborový agar) a proteiny byly extrahovány třemi metodami. Sledován byl vliv složení původního média, ze kterého byly kmeny přeočkovány, na kvalitu spekter, vhodnost jednotlivých metod pro různá média, dále zda složení média ovlivňuje kvalitu spekter a na závěr byly všechny kmeny porovnány s typovým kmenem Cr. laurentii CCY 17-3-2. Bylo zjištěno, že vliv původního substrátu nemá zásadní vliv na kvalitu spekter a stejně tak složení kultivačního média. Rozhodující je metoda přípravy vzorku. Nejkvalitnější spektra byla detekována při kultivaci na YPD agaru a promytí buněk ethanolem. Bramborový agar byl shledán nevhodným pro kultivaci kvasinek rodu Cryptococcus, protože při růstu buněk dochází ke značné produkci extracelulárních polysacharidů znesnadňujících extrakci proteinů. Všechny kmeny byly dále srovnány s typovým kmenem Cr. laurentii CCY 17-3-2 a byly vytvořeny MSP dendrogramy na základě podobnosti spekter. Při vzájemném srovnání všech kmenů byly kmeny úspěšně rozděleny na všech médiích do příslušných druhů. V závěru byly srovnány sekvence D1/D2 domén LSU genu vybraných kmenů a fylogenetický strom byl porovnán s MSP denrogramy.
|
|
|
Vliv složení kultivačního média na hmotnostní spektra kvasinek druhů Cryptococcus laurentii a Cryptococcus flavescens
Ledvina, Vojtěch ; Breierová, Emília (oponent) ; Stratilová, Eva (vedoucí práce)
Cryptococcus laurentii a Cryptococcus flavescens jsou nefermentující kvasinky tvořící extracelulární polysacharidovou kapsuli. Jedná se o saprofytické druhy, nicméně Cr. laurentii je znám i jako oportunní patogen u imunokomprimovaných jedinců. Dříve byl Cr. flavescens považován za synonymum Cr. laurentii, v současnosti je ale klasifikován jako samostatný druh náležící do fylogenetické skupiny I Cr. laurentii. V experimentální části bylo 28 kmenů druhů Cr. laurentii, Cr. flavescens a Cr. victoriae biotypizováno pomocí MALDI-TOF MS. Buňky byly kultivovány na třech různých médiích (Sabouraudův, YPD a bramborový agar) a proteiny byly extrahovány třemi metodami. Sledován byl vliv složení původního média, ze kterého byly kmeny přeočkovány, na kvalitu spekter, vhodnost jednotlivých metod pro různá média, dále zda složení média ovlivňuje kvalitu spekter a na závěr byly všechny kmeny porovnány s typovým kmenem Cr. laurentii CCY 17-3-2. Bylo zjištěno, že vliv původního substrátu nemá zásadní vliv na kvalitu spekter a stejně tak složení kultivačního média. Rozhodující je metoda přípravy vzorku. Nejkvalitnější spektra byla detekována při kultivaci na YPD agaru a promytí buněk ethanolem. Bramborový agar byl shledán nevhodným pro kultivaci kvasinek rodu Cryptococcus, protože při růstu buněk dochází ke značné produkci extracelulárních polysacharidů znesnadňujících extrakci proteinů. Všechny kmeny byly dále srovnány s typovým kmenem Cr. laurentii CCY 17-3-2 a byly vytvořeny MSP dendrogramy na základě podobnosti spekter. Při vzájemném srovnání všech kmenů byly kmeny úspěšně rozděleny na všech médiích do příslušných druhů. V závěru byly srovnány sekvence D1/D2 domén LSU genu vybraných kmenů a fylogenetický strom byl porovnán s MSP denrogramy.
|
host ::
RSS.